ظاهرا نحوه صدور مجوز مهد کودک و نظارت بر آن محل اختلاف دو نهاد شده و به مراجع بالاتر کشیده شده است. خراسان نوشت: در حالی که بر اساس مصوبه سال 65 شورای عالی انقلاب فرهنگی و آئین نامه تاسیس و اداره مهدهای کودک خصوصی مصوب سال 67 صدور جواز تأسیس و نظارت بر مهدهای کودک برای کودکان از ۳ ماهگی تا پایان ۵ سالگی برعهده سازمان بهزیستی است اما وفق تبصره اصلاحی ماده ۹ قانون تاسیس و اداره مدارس غیردولتی مصوب سال 87 تنها مرجع صدور مجوز فعالیت مراکز پیش دبستانی برای کودکان ۴ و ۵ ساله وزارت آموزش و پرورش تعیین شده که همین موضوع باعث بروز اختلاف بین این دودستگاه و نامه نگاری های آنها با مسئولان ارشد دولتی برای حل مشکلات شده است.