گسترش فرهنگ جهاد و زمینه‌سازی برای خدمت به محرومان، آشنایی دانشگاهیان با شرایط سخت زندگی اقشار محروم جامعه، تقویت حس نوع‌دوستی و مسئولیت‌پذیری نسبت به اقشار کم توان جامعه، تقویت روحیه مشارکت‌پذیری و ارتقاء سطح مهارت‌های اجتماعی شرکت‌کنندگان، بازتولید روحیه جهاد و ایثار منبعث از انقلاب اسلامی و تفکر امام خمینی(ره) در بین دانشگاهیان، کمک به نهادهای اجرایی در امر خدمت‌رسانی به اقشار محروم در شرایط اقتصاد مقاومتی، تلاش جهت بهبود وضعیت آموزشی، فرهنگی، بهداشتی و درمانی در مناطق محروم و همسو نمودن و هم‌افزایی ظرفیت نهادهای اجرایی کشور به منظور افزایش بازدهی فعالیت‌های جهادی از جمله اهداف این فعالیت‌ها عنوان شده است.

بر اساس این آیین‌نامه، برنامه‌ریزی و فراهم نمودن بستر لازم جهت توسعه کمی و کیفی فعالیت‌های جهادی، برنامه‌ریزی برای جذب کمک‌های مردمی، اقدام جهت جضور دانشجویان، استاتید و کارکنان دانشگاه در فعالیت‌های جهادی، نظارت بر فعالیت‌های جهادی و پشتیبانی مالی و تدارکاتی از اردوهای جهادی از وظایف ستاد اردوهای جهادی دانشگاه‌های علوم پزشکی عنوان شده است.

در ماده دیگری مخاطبان این آیین‌نامه، دانشگاهیان دانشگاه‌های علوم پزشکی شامل، دانشجویان، کارکنان و اعضای هیات علمی خوانده و تصریح شده است، این افراد به صورت داوطلبانه جهت مشارکت در ارائه خدمات آموزشی، فرهنگی، بهداشتی و درمانی به محرومان و نیازمندان سراسر کشور در این فعالیت ها شرکت می کنند.

به گزارش مفدا، همچنین در ماده چهارم این آیین‌نامه، ساختار و وظایف ستاد مرکزی فعالیت های جهادی دانشگاهیان وزارت بهداشت تشریح شده است، که از نکات قابل توجه آن عضویت چهارده تن در ستاد مرکزی فعالیت های جهادی دانشگاهیان وزارت بهداشت است.