ساختار سازمان امور دانشجویان اعلام شد و به‌نظر می‌رسد در این ساختار صندوق رفاه دانشجویان، پژوهشگاه تربیت بدنی و فدراسیون ملی ورزش‌های دانشگاهی به طور کامل با معاونت دانشجویی وزارت علوم ادغام نشده است.
 به گزارش فارس، در حالی که مسئولان وزارت علوم اعلام کرده بودند که در راستای اجرای بند 'ﻫ' ماده 20 قانون برنامه پنجم سازمان امور دانشجویان از ادغام صندوق رفاه دانشجویی، معاونت دانشجویی وزارت علوم، فدراسیون ملی ورزش‌های دانشگاهی و پژوهشگاه تربیت بدنی و علوم ورزشی تشکیل خواهد شد، ولی شواهد موجود حکایت از عدم تحقق کامل این وعده دارد.
 
بررسی اجمالی ساختار جدید سازمان امور دانشجویان که در تاریخ 18/04/1390 به امضای مشترک کامران دانشجو وزیر علوم، تحقیقات و فناوری و لطف الله فروزنده دهکردی معاون توسعه مدیریت و سرمایه‌های انسانی رئیس جمهور رسیده و ابلاغ شده است، نشان می‌دهد که در چارت این سازمان سه اداره مذکور در رده‌ای هم‌ردیف معاون وزیر و رئیس سازمان امور دانشجویان قرار گرفته‌ و به‌نظر می‌رسد مسائل ادارات مذکور به طور کامل به ریاست سازمان واگذار نشده است. سازمان امور دانشجویان در ساختار جدید خود شامل 18 پست مدیریتی به شرح زیر است:
 
دفتر ریاست و روابط عمومی، دفتر نظارت و ارزیابی، دفتر مشاوره و سلامت، دفتر حراست، دفتر فناوری اطلاعات و ارتباطات، دفتر امورحقوقی و پاسخگویی به شکایات، معاونت بورس و امور دانشجویان خارج، معاونت پشتیبانی و مدیریت منابع، معاونت امور دانشجویان داخل است. معاونت بورس و امور دانشجویان خارج شامل اداره کل بورس و اعزام دانشجویان و اداره کل امور دانش آموختگان، همچنین معاونت امور دانشجویان داخل متشکل از اداره کل تربیت بدنی، اداره کل امور دانشجویان شاهد و ایثارگر، اداره کل امور دانشجویان داخل و اداره کل امور دانشجویان غیرایرانی است. معاونت پشتیبانی و مدیریت منابع نیز از دفتر طرح و برنامه، اداره کل اموراداری و پشتیبانی و اداره کل امور مالی تشکیل شده است.
 
ساختار قبلی معاونت دانشجویی وزارت علوم دارای 5 پست مدیریتی و حدود 150 پست سازمانی کارمندی بود. پیش از این وزارت علوم، تحقیقات و فناوری اعلام کرده بود که هدف از ادغام صندوق رفاه دانشجویان، پژوهشگاه تربیت بدنی و فدراسیون ملی ورزش‌های دانشگاهی با معاونت دانشجویی وزارت علوم و تشکیل سازمان امور دانشجویان "کوچک‌سازی دولت" است که به نظر می‌رسد این سازمان با هیبتی بزرگ‌تر و به صورت مستقل مأموریت خود را ادامه می‌دهد.