آهکی بودن خاک های خوزستان، خاک ورزی شدید، نامناسب بودن فرمول های کودی وتک عنصری بودن کودهای شیمیایی، عدم توجه برخی کشاورزان خرده پا به حرف کارشناسان و آتش زدن بقایای گندم از دیگر چالش های خاک های کشاورزی این استان محسوب می شود.

طی بررسی های صورت گرفته در سال 1400، میزان شوری خاک های خوزستان، 60 درصد بوده که در مقایسه با سال 1399، با افزایش 23 درصدی مواجه شده است. این میزان شوری خاک در سال 1399، بیشتر از چهار دسی زیمنس بر متر و 37 درصد اعلام شده بود.فرسایش، تغییر کاربری اراضی، کمبود مواد آلی، کاهش حاصلخیزی، شوری، آلودگی و تنوع زیستی، از جمله مشکلاتی است که کارشناسان بارها در این خصوص صحبت کرده اند.

علیرضا جعفرنژادی، معاون پژوهشی مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خوزستان درخصوص چالش های مهم خاک خوزستان با نگرش خاک های کشاورزی می گوید: تغییرات اقلیمی خواه یا ناخواه کشاورزی را دستخوش تغییر کرده و باعث شده کربن به جای خاک در اتمسفر باشد. به گفته او یکی از محدودیت های خاک کشور، محدودیت شوری است؛ از هشت میلیون هکتار اراضی آبی، 3.3 میلیون هکتار آن محدودیت شوری دارند، از طرف دیگر با انواع تنش ها از جمله سرما، گرما، آفات، خشکی و بارندگی های سیل آسا در کشور و استان خوزستان مواجه هستیم.

او یکی از مهم ترین دلایل شوری خاک های خوزستان را کیفیت آب های ورودی به مزارع دانسته و ادامه می دهد: اگر شوری آب ورودی کشاورزی را 2 دسی زیمنس بر متر در نظر بگیریم، حدود یک هزار و 280 میلی گرم نمک در یک لیتر آب دارد که باید شیوه کشت و آبیاری مدیریت شود.به گفته معاون پژوهشی مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خوزستان، عواملی چون آبیاری بی رویه با استفاده از آب های شور، بی توجهی به پتانسیل اراضی برای بهره برداری، تغییر کاربری اراضی بدون توجه به استعداد آن، تغییرات رژیم هیدرولوژی زیست بوم ها، از بین بردن پوشش گیاهی بومی منطقه در اثر خشکسالی های انسان ساز و عدم امکان توسعه مجدد آن، عدم به کارگیری فناوری های نوین در بهره برداری از اراضی و عدم استفاده از تناوب کشت، خاک را تحت تاثیر قرار می دهد.
به گفته جعفرنژادی، خاک های خوزستان جوان هستند و فعل و انفعالات زیادی روی آنها انجام نشده به طوری که اراضی بدون محدودیت قابل کشت خوزستان حدود 3.15 درصد کل اراضی است.وی ادامه می دهد: 14.1 درصد از اراضی کلاس دو و 18.5 درصد از خاک های کلاس سه قابل کشت است، در واقع خوزستان در داشتن خاک های باکیفیت نیز محدودیت دارد.
این پژوهشگر یکی دیگر از چالش های خاک های خوزستان را ph عنوان کرد و گفت: میانگین ph خاک های خوزستان 7.4 است که تقریبا بعد از 10 سال این میزان دستخوش تغییر نشده و چالش ایجاد می کند زیرا محدوده ph خاک ما به گونه ای است که عناصر را به مرحله تثبیت می کشاند. او در خصوص چالش های دیگر خاک های کشاورزی خوزستان می گوید: آهکی بودن خاک های خوزستان، خاک ورزی شدید، نامناسب بودن فرمول های کودی وتک عنصری بودن کودهای شیمیایی، عدم توجه برخی کشاورزان خرده پا به حرف کارشناسان و آتش زدن بقایای گندم از دیگر چالش های خاک های کشاورزی این استان محسوب می شود.